甲硫腺苷磷酸化酶(MTAP)基因位于9p21，该基因在多种上皮及非上皮癌细胞中经常与CDKN2A同时缺失。
MTAP与甲硫氨酸循环相关，是腺嘌呤生成的唯一途径，MTAP缺乏可增强基于嘧啶的化疗药物(如5-氟尿嘧啶[5-FU])在多种癌细胞系中的疗效。

MTAP缺失可能是一个有利的预后因素，并可能作为指导治疗策略的生物标志物，包括在HPV-OPSCC中使用基于嘧啶的化疗药物。